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Génomique et Bioinformatique : une introduction

Sigle: S1133, ECTS: 3

Objectifs du cours

La biologie a longtemps été vue comme une science « descriptive » dans laquelle analyses et modèles quantitatifs n’avaient pas leur place. La naissance de la biologie moléculaire et de la génomique, ainsi que les développements technologiques qui y sont associés, ont radicalement changé ce paradigme, transformant la biologie en une science non seulement quantitative, mais qui plus est de « big data ». Cette évolution s’accompagne du développement de la discipline de la bioinformatique, qui se situe à l’interface entre biologie, mathématique, statistique et informatique, et qui traite des défis méthodologiques posés par la biologie moderne. Cette discipline est pertinente dans un cursus d’ingénieur, d’une part, parce qu’il s’agit d’un profil de plus en plus recherché en industrie, et d’autre part parce que les méthodes développées ici pour la biologie sont en grande partie applicables à d’autres domaines. Nous proposons une introduction à la biologie des génomes au sens large du terme (incluant polymorphismes, nombre de copies, épigénétique, biologie des systèmes, etc.), aux technologies associées, et aux méthodes dédiées à l’analyse de ces données abondantes, tant quantitativement que par leur diversité. Nous traiterons en particulier des applications en recherche contre le cancer.

Pré-requis

Il n’y a pas de pré-requis particulier ; nous introduirons les bases nécessaires au début du cours.

Programme

Nous commencerons par une description des bases en biologie moléculaire, essentielles à la compréhension et l’étude des systèmes vivants. Puis nous nous intéresserons aux différentes technologies typiquement utilisées en biologie aujourd’hui, telles que le séquençage, les puces d’expression et la microscopie. Nous accompagnerons la présentation de ces techniques par celles des défis en termes d’analyse de données et donnerons également un aperçu des solutions méthodologiques applicables. Le cours sera complémenté par une intervention d’un industriel et par deux visites à l’Institut Curie pour donner un aperçu de l’application concrète de ces technologies en recherche contre le cancer.

Modalités d'évaluation

Les étudiants seront évalués sur la base d’un projet dont le but sera de lire et expliquer une publication scientifique (review) sur un sujet connexe à ceux présentés lors des cours. Travail en binôme, conduisant à un rapport écrit et une présentation orale. Une ou deux séances intermédaires avec un des encadrants permettront le suivi du projet.

Modalités pédagogiques

A compléter

Référence

A compléter

Equipe pédagogique

Responsable(s)
Chloé-Agathe AZENCOTTThomas WALTER

Chargé(s) d'enseignement
Véronique STOVEN

Intervenant(s)
Jérôme BOULANGER ; Laurence CALZONE ; Philippe HUPE ; Charles KERVRANN ; Fabien REYAL ; Jean SALAMERO
Sigle S1133
Année 2ème année
Niveau Graduate 1st year
Crédits ECTS 3
Coefficient 3
Nb. d'heures 37
Nb. de séances 30
Type de cours Enseignement spécialisé
Semestre 3
Période Automne
Domaines
  • Biotechnologie et bioinformatique
Dernière mise à jour:
28 Sep 2016 09:55 par c-a.azencott